Vier jongeren komen terecht in een parallelle digitale wereld: Lyoko. Lyoko wordt echter beheerstdoor X.A.N.A., een boosaardige supercomputer die de échte wereld wil overnemen. De enige dieeen oplossing kan bieden is Aelita, een antivirusmeisje, maar...
Voor Jeremy en zijn vrienden lijkt alles verloren: hij zit met Ulrich en Eva gevangen in de virtuele wereld van Lyoko, hun vijand X.A.N.A. heeft een bondgenootschap afgesloten met de terroristen van de Green Phoenix en heeft het verschrikkelijke wapen...